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Table 8 Proteins found in regenerating limbs of A. mexicanum but not X. laevis and proteins shared by the two species

From: Proteomic analysis of fibroblastema formation in regenerating hind limbs of Xenopus laevis froglets and comparison to axolotl

  Axo+/Xeno- Axo+/Xeno+
Signaling + APC YWHAE (-/+)
  + ARL1 YWHAZ (-/+)
  + CCDC88C GDI2 (NC/+)
  - CLTCL1 XG28K (+/+)
  - DIXDC1  
  - ECTO  
  + EPHA7  
  + EZR  
  + FHSB  
  + GNB2L1  
  + GPR109B  
  + INV  
  -IRF6.2  
  + IRS4  
  + ISYNA1  
  + ITSN2  
  -LTBP4  
  + NET1  
  + NOS1  
  + OR2AT4  
  - OR4D10  
  -PPP2CB  
  -PTK6  
  +RAB6B  
  -SYDE2  
  -TBC1D17  
  +TBCK  
  + TYK-2  
  +WNT-8A  
  - DNAH3 PVALB (-/-)
  + DYNC1LI2 DYNLL1 (-/+)
  NC ANXA4 ANXA1 (-/+)
  - ASPH ANXA2 (-/+)
  + ATP11A ATP2A3 (-/-)
Intracellular transport + CACN1A CASQ1 (+/-)
  + CACNA2D3 SLC25A24 (+/-)
  - CAMK2D  
  - HAK  
  - MYLC2PL  
  - SRL  
Transcription   
1. Chromatin associated   
  + Histone 2A H2AFY2 (+/+)
   (H2AFX) (+/+)
  NC H2A.ZL1 H1H4B (-/+)
  + H1H3A  
  - H1H3F  
  + H2H2AA4  
  -H2BE  
  - H2BF  
  + HR  
  -JMJD1B  
  + MTA1  
  + NAP1L1-A  
2. Transcription factors   
  +AHCTF1 FUBP1 (NC/+)
  - ATF1 TRIM 29 (+/+)
  + CBTF122  
  -E4F1  
  + Lin 28  
  - MNT  
  NEUROD2  
  + NFATC4  
  + NR2C2  
  +SND1  
  + SOX6  
  - TAF4  
  + ZNF259  
  + ZNF326  
  - ZNF559  
  + ZNF592  
  + ZNF644  
  - ZNF777  
  + Kruppel-like factor  
3. RNA processing   
  - CWC15 SFRS1 (-/-)
  + DDX10  
  - DDX46  
  - FBL  
  - HNRNPF  
  - HNRNPH2  
  - HNRNPH3  
  + HNRNPL  
  + HNRNPU  
  + HNRNPAB  
  + KHSRP  
  - LSM4  
  + MATR3  
  - NHP2L1  
  + RBM  
  - SART1  
  - SFRS12  
  + SFRS3  
  - SNRPD3 SNRPE (-/+)
  -SRRM1 TARDBP (+/-)
Translation   
Ribosomal proteins: + RPL31 RPL12 (+/+)
  + RPS20 RPL15 (+/+)
   RPL22 (-/+)
   RPL23 (-/+)
   RPL30 (+/+)
   RPL4 (+/-)
   RPL7L1 (+/+)
   RPLP0 (+/+)
   RPS19 (+/-)
   RPS28 (+/+)
   RPS6 (+/-)
Translation factors: + PABPC1 EEF1A2 (+/+)
  - TARSL2 EEF2 (+/+)
  + ETF1 EIF4A1 (+/NC)
   EIF4B (+/+)
Cytoskeleton   
Muscle proteins: - MYH3 ACTA1 (-/-)
  - MYH4 ACTN3 (-/-)
  - MYH7 DES (-/+ & -)
  - MYH7B MYBPC3 (-/+)
  - MYL2 MYH13 (-/-)
  - MYL3 MYL1 (-/-)
  - MYL5 MYLPF (-/-)
  - NEB TNNC2 (-/-)
  - OBSCN TNNT3A (-/-)
  - TM7 TPM2 (-/-)
  - TPM3  
Non-Muscle proteins: - ACTBL2 ACTG1 (+/+)
  - ACTN1 DESPLK (NC/+)
  - ACTN4 DESPLK
   Isoform II (-/+)
  + ACTR2-A KRT12 (-/+)
  + EPPK1 KRT19 (+/+)
  + FLNB KRT5.5 (-/+)
  - GOLGA1 PLS3 (-/+)
  NC Myo9A EZR (+/+)
  + NAV1 TUBB2C (+/NC & +)
  + SYNE2 XAKB (-/- & +)
  + TUBA XAKC (-/+)
  + TUBA4B CytoKer II (-/+)
  + TUBB4  
  - DNAH3 MVP (-/+)
  - MYH1 DYNLL1 (-/+)
  -MYO1C  
  + MYO1E  
  - Myo5A  
  - PALM2  
  - PDLIM1  
  + CDH5  
  - CNTNAP4  
  - FHDC1  
  + ST3GAL5  
  + SCARF2  
  - KPNA2  
  - MYOF  
  + PCLO  
  + PMFBP1  
  - SORBS1  
ECM   
  + Col12A1 FGB (+/+)
  + ColXIII1 FGG (+/+)
  + Col1A1 FN1 (+/+)
  + Col1A1 pre-prot MAT2 (+/+)
  - Col2A1  
  - Col4A4  
  + Col5A2  
  - DCN  
  - EHD4  
  + FBN1  
  + MATN4  
  - POSTN  
  - TINAG  
  + TNN  
Metabolism   
  - ABCB10 ATP5B (-/NC)
  - CS COX5A (-/+)
  - ECHS1 GLUD1 (-/+)
  - SLC25A13  
  - ALDOC ALDOA (-/-)
  - ENO3 ALDOB (-/-)
  + PGAM3 ENO11 (-/-)
   PGM1 (-/-)
   PGK2 (+/NC)
   TPI1 (-/-)
   PYGM (-/-)
  + ACACA AK1B (-/-)
  + ALDH6A1 B3GNT5 (+/-)
  - CA3 BHMT (-/-)
  -CPNE3  
  + DAGLB  
  + DHRS4  
  - DSCR3  
  - NPC2  
  + PAPPA2  
  - PNPLAS  
  - SGMS1  
  + SULT1A4  
Cell protection   
Inflammation: - AOX1 PRDX1 (+/+)
  - CYP2F1  
  + GSTP1  
  + OAS2  
  +PXDN  
  + TLR6  
Apoptosis: + ABTB1 PDCD6IP (-/+)
  - AK2  
  - AKT1S1  
  - BIRC6  
  - FASTKD5  
  + IL7R  
  + MAST3  
  + MICB  
  + NEK11  
  + PAIRBP1  
  + TRAF1  
  - VDAC1  
Chaperones: - HSP27 CCT2 (+/+)
  + HSP90AB2P FKBP10 (-/+)
  + HSPB3 HSP90AA1 (-/+)
  - PCMT1 HSP90B1 (+/+)
  + SSR1 PDIA3 (-/+)
  + TOR1A PDIA6 (+/+)
  + HSP90Kda PPIA (+/+)
  isoform1 P4HB (-/+)
Degradation   
  EXOC7 PSMB1 (+/-)
  HACE1 PRSSL1 (-/+)
  MME  
  PSMD2  
  PSMD7  
  USP3  
Cell cycle   
  + CROCC  
  + EVI5  
  - FUS  
  - LOH11CR2A  
  - MARK4  
  -MMCM3  
  + NDEL1  
  + NMW1  
  - PPP1CC  
  - RAN  
  + TTN  
  + ULA1  
  - WDR36  
  - XMAP215  
  1. Bold indicates FC =/>2 on one or more dpa; + indicates up regulated; - indicates predominantly down regulated during blastema/fibroblastema formation. NC indicates no change. For the shared proteins, the first symbol(s) in parentheses indicate axolotl, and the second symbol(s) indicate Xenopus.